Program Doktor (S3) Universitas Indonesia Dirancang bagi lulusan Magister (S2) yang memiliki dedikasi tinggi untuk mencapai puncak kepakaran akademik. Program ini menitikberatkan pada pengembangan riset orisinal dan kontributif sebagai syarat utama kelulusan. Lulusan dipersiapkan menjadi ilmuwan, peneliti, atau pakar strategis yang mampu memberikan solusi nyata di bidang keilmuannya. Seluruh proses seleksi dilakukan melalui jalur SIMAK UI Pascasarjana.
Skema biaya pendidikan S3 UI:
| Fakultas | Program Studi | Jenjang |
|---|---|---|
| Kedokteran | Ilmu Biomedik | S3 |
| Kedokteran | Ilmu Gizi | S3 |
| Kedokteran | Ilmu Kedokteran | S3 |
| Kedokteran Gigi | Ilmu Kedokteran Gigi | S3 |
| Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam | Matematika | S3 |
| Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam | Ilmu Fisika | S3 |
| Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam | Ilmu Kimia | S3 |
| Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam | Biologi | S3 |
| Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam | Ilmu Bahan-bahan/Material | S3 |
| Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam | Ilmu Geografi | S3 |
| Teknik | Teknik Sipil | S3 |
| Teknik | Teknik Mesin | S3 |
| Teknik | Teknik Elektro | S3 |
| Teknik | Teknik Metalurgi dan Material | S3 |
| Teknik | Arsitektur | S3 |
| Teknik | Teknik Kimia | S3 |
| Teknik | Teknik Industri | S3 |
| Hukum | Ilmu Hukum | S3 |
| Ekonomi Dan Bisnis | Ilmu Ekonomi | S3 |
| Ekonomi Dan Bisnis | Ilmu Manajemen | S3 |
| Ekonomi Dan Bisnis | Ilmu Akuntansi | S3 |
| Ilmu Pengetahuan Budaya | Arkeologi | S3 |
| Ilmu Pengetahuan Budaya | Ilmu Filsafat | S3 |
| Ilmu Pengetahuan Budaya | Kajian Informasi | S3 |
| Ilmu Pengetahuan Budaya | Ilmu Linguistik | S3 |
| Ilmu Pengetahuan Budaya | Ilmu Susastra | S3 |
| Ilmu Pengetahuan Budaya | Ilmu Sejarah | S3 |
| Psikologi | Psikologi | S3 |
| Ilmu Sosial Dan Ilmu Politik | Ilmu Komunikasi | S3 |
| Ilmu Sosial Dan Ilmu Politik | Ilmu Politik | S3 |
| Ilmu Sosial Dan Ilmu Politik | Sosiologi | S3 |
| Ilmu Sosial Dan Ilmu Politik | Kriminologi | S3 |
| Ilmu Sosial Dan Ilmu Politik | Ilmu Kesejahteraan Sosial | S3 |
| Ilmu Sosial Dan Ilmu Politik | Antropologi | S3 |
| Ilmu Sosial Dan Ilmu Politik | Hubungan Internasional | S3 |
| Kesehatan Masyarakat | Ilmu Kesehatan Masyarakat | S3 |
| Kesehatan Masyarakat | Epidemiologi | S3 |
| Ilmu Komputer | Ilmu Komputer | S3 |
| Ilmu Keperawatan | Ilmu Keperawatan | S3 |
| Farmasi | Ilmu Farmasi | S3 |
| Ilmu Administrasi | Ilmu Administrasi | S3 |
| Pascasarjana Pembangunan Berkelanjutan | Ilmu Lingkungan | S3 |
| Pascasarjana Pembangunan Berkelanjutan | Kajian Stratejik dan Global | S3 |