Sejarah pendirian FMIPA UI tidak terlepas dari sejarah besar awal pendirian Universitas Indonesia. FMIPA UI pada awal pendirian Universitas Indonesia dikenal dengan nama Fakultas Ilmu Pasti dan Ilmu Alam (FIPIA), yang berkedudukan di Bandung. Sejalan dengan perkembangan UI yang dipusatkan di Ibukota negara, fakultas tersebut kemudian dilepas menjadi salah satu fakultas yang dikelola oleh Institut Teknologi Bandung (ITB) yang dibuka pada tahun 1959. Dalam perkembangannya, nama Fakultas Ilmu Pasti dan Ilmu Alam (FIPIA) kemudian diubah menjadi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) pada tahun 1982 Perubahan nama ini didasarkan pada Peraturan Pemerintah No.27 tahun 1981, tertanggal 14 Agustus 1981 (Lembaga Negara RI No. 41), tentang penataan fakultas pada universitas dan institut negeri. Peraturan ini kemudian dikuatkan dengan Keputusan Presiden No.44 tahun 1982, tertanggal 7 September 1982, tentang susunan organisasi Universitas Indonesia. Seiring dengan pembangunan kampus baru Universitas Indonesia di Depok, Jawa Barat, maka pada bulan juli 1987, kegiatan perkuliahan dan administrasi FMIPA UI secara resmi pindah dari kampus UI Salemba Jakarta Pusat ke kampus Depok Jawa Barat.