Farmasi UI yang didirikan pada bulan September 1965 awalnya tergabung dalam satu fakultas yang awalnya bernama Fakultas Ilmu Pasti dan Ilmu Alam (FIPIA). Kemudian berdasarkan Kepres No. 44 tahun 1982 berubah menjadi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA).
Guna menunjang pendirian Rumpun Ilmu Kesehatan yang terintegrasi di dalam lingkungan Universitas Indonesia, maka berdasarkan Keputusan Rektor Universitas Indonesia No. 2408A/SK/ R/2011, tanggal 29 November 2011, tentang Pembukaan Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, maka Departemen Farmasi FMIPA UI berubah menjadi Fakultas Farmasi Universitas Indonesia (FF UI).
Farmasi merupakan suatu ilmu dan seni membuat obat dari bahan alam maupun sintetik yang cocok dan nyaman untuk didistribusikan serta digunakan dalam pencegahan dan pengobatan penyakit. Profesi ini memiliki pengetahuan tentang identifikasi, seleksi, preservasi, kombinasi, aksi farmakologi, analisis dan standardisasi obat dan bahan obat, serta cara distribusi, penyimpanan dan penggunaan yang tepat dan aman. Mereka yang berprofesi dalam bidang farmasi adalah seorang pakar obat yang menguasai ilmu dan pengetahuan tentang obat secara mendalam dari segala aspeknya.